Dokument jest wynikiem konsultacji oraz wymiany doświadczeń pomiędzy gdyńskim samorządem a organizacjami pozarządowymi. Program wskazuje priorytety dotyczące współpracy obu stron na najbliższe pięć lat. 

Samorząd Gdyni jako pierwszy w Polsce w 1995 r. rozpoczął systematyczną współpracę z trzecim sektorem w celu realizacji priorytetów rozwoju miasta i zaspakajania potrzeb mieszkańców. Wieloletni Program Współpracy z Organizacjami Pozarządowymi jest kontynuacją dotychczasowych doświadczeń. Jego celem jest potwierdzenie istotnego miejsca zajmowanego w gdyńskim modelu demokracji lokalnej przez organizacje pozarządowe. 

Głównymi celami współpracy miasta z organizacjami pozarządowymi są: aktywizacja społeczności lokalnej, budowanie społeczeństwa obywatelskiego poprzez umacnianie w świadomości gdynian poczucia odpowiedzialności za wspólnotę lokalną, swoje otoczenie oraz tradycję, zwiększanie udziału mieszkańców w rozwiązywaniu lokalnych problemów, poprawa jakości i efektywności świadczenia usług publicznych, wprowadzanie nowatorskich działań na rzecz mieszkańców, umożliwienie uzupełniania usług świadczonych przez miasto, poprawa jakości życia poprzez pełniejsze zaspokajanie potrzeb społecznych. Współpraca opierać się będzie na zasadach: powszechności i otwartości, współodpowiedzialności za obywateli, zrównoważonego rozwoju, partnerstwa, suwerenności stron, pomocniczości i jawności.