Najcenniejszym, rosnącym nad Rospudą jest właśnie najrzadszy z krajowych storczyków miodokwiat krzyżowy (Herminium monorchis) (na zdjęciu obok). Dawniej posiadał on na terenie naszego kraju 18 stanowisk, jednak na skutek działalności człowieka ocalał jedynie na torfowisku niskim przy brzegach rzeki Rospudy. Miodokwiat krzyżowy to niepozorna, wieloletnia bylina. Dorasta do 30 cm wysokości, jej kwiaty mają zielono-żółtą barwę o charakterystycznym miodowym lub anyżowym zapachu. Jest to gatunek niezwykle wrażliwy na zmiany poziomu wód gruntowych.
Do takich zmian dojdzie z pewnością, jeżeli ruszy budowa obwodnicy Augustowa w wersji proponowanej i zatwierdzonej przez Ministerstwo Środowiska. Oznaczać to będzie zagładę kolejnego gatunku na terenie Polski. A przecież miodokwiat krzyżowy to gatunek objęty ścisłą ochroną gatunkową, to gatunek wpisany do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin.
Dolina ta stała się ostoją nie tylko dla miodokwiatu. Rośnie tam wiele niezwykle rzadkich roślin, wśród nich najokazalszy z naszych rodzimych storczyków – obuwik pospolity (Cypripedium calecolus) (na zdjęciu obok). Jest to niezwykle okazała bylina, o dużych, żółtych kwiatach przypominających swym kształtem obuwie. Dawniej obuwik wstępował na około 250 stanowiskach w kraju, do dzisiaj zachował się na połowie z nich Warto zaznaczyć, że w Polsce północnej jest znacznie rzadszy, niż w Pasie Wyżyn. Nad Doliną Rospudy rośnie w lesie okalającym torfowisko. Jest to gatunek objęty ścisłą ochroną, wpisany do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin i wpisany na listę Natura 2000.
Kolejnym gatunkiem figurujących we wszystkich podanych wyżej spisach jest lipiennik Loesela (Liparis loeselii). Niezwykle mały, zielono-żółty storczyk charakterystyczny dla zbiorowisk torfowiskowych. On również jest silnie zagrożony w skali kraju ze względu na osuszanie torfowisk i zmianę panujących na nich stosunków wodnych. Budowa estakady w proponowanej wersji z pewnością przyczyni się do jego wymarcia.
Nad Rospudą rośnie wiele innych rzadkich gatunków, m.in. wyblin jednolistny (Malaxis monophyllos), również umieszczony w Polskiej Czerwonej Księdze Roślin, bardzo rzadka na Suwalszczyźnie gółka długoostrogowa (Gymnadenia conopsea), objęte ochroną i wymierające w skali kraju rosiczki – długolistna (Drosera anglica) i okrągłolistna (Drosera rotundifolia).